バングラデシュの屋上菜園・地上菜園の土壌は多様な薬剤耐性遺伝子プロファイルを抱えている
Rooftop and surface garden soils in Bangladesh harbor diverse resistome profiles
Hoque MN, Rana ML, Gilman MAA, Pramanik PK, Islam MS, Punom SA, Rahman R, Hassan J, Rahman MS, Ramasamy S, Schreinemachers P, Oliva R, Rahman MT
Environmental Monitoring and Assessment
Urban Farm DB の要約
都市農業が広がる一方で、屋上菜園・地上菜園の土壌がどれだけ薬剤耐性（AMR）の貯留槽になりうるかはほとんど分かっていない、という問題意識から行われたショットガンメタゲノム解析。ダッカの屋上菜園7、ダッカの地上菜園6、ガジプールの屋上菜園8、ガジプールの地上菜園6の計27検体を調べ、88の薬剤耐性遺伝子（ARG）を検出した。うち19（21.6%）は全地点で共通し、菜園タイプによって耐性遺伝子の構成に有意差があった（p = 0.04）。屋上の土壌は地上の土壌よりARGが多く（ダッカ屋上50、ガジプール屋上48に対し、ダッカ地上40、ガジプール地上41）、グリコペプチド耐性遺伝子が屋上ARGの62.43〜74.07%を占めて優勢だった。屋上土壌では排出ポンプ（adeF が屋上ARGの45.21%）とリボソーム保護型のオキサゾリジノン耐性遺伝子 O23S（ガジプール屋上で62.13%）も濃縮していた。逆に地上土壌では CATA（ダッカ地上で11.64%）や fosBx1（地上ARGの5.94%）のような抗菌薬を不活化する遺伝子が多かった。屋上という「清潔そうに見える」栽培環境が、必ずしも耐性遺伝子の少ない環境ではないことを示す。